W sezonie 1992/1993 Polonia Warszawa osiągnęła awans do polskiej elity piłkarskiej. Po 41 latach nieobecności Polonia powróciła do ekstraklasy. Klub był jednak fatalnie zorganizowany, brak było pieniędzy i bazy treningowej. Czarne Koszule znów wróciły do II ligi, jednak tylko na dwa lata.
W sezonie 1995/1996 Polonia, razem z Wisłą Kraków, awansowała do I ligi. Na Konwiktorskiej pojawił się Janusz Romanowski, który właśnie wycofał się ze sponsorowania Legii, zakładając spółkę KPP Polonia Warszawa.
W 1998 Czarne Koszule zdobyły wicemistrzostwo Polski, zaś w 1999 dotarły do półfinału Pucharu Intertoto.
